Pytanie o najlepszy dobór ochrony.

[tachion]

Więc izolacja ma się nijak czy też MBR może zostać zainfekowany z poziomu systemu?

Sandboxie jak i piach w comodo będzie chronił mbr przed choćby dość zaawansowaną infekcją jaką był Ransomware Petya > Goldeneye

Czy szkodliwe skrypty zadziałają jak mam wyłączony wscript, powershell oraz nie mam Javy?

Na pewno jest w stanie ograniczyć działalność złowrogiego oprogramowania ale nie do końca. Zawsze mogą użyć trojana zdalnego dostępu (RAT) kopii PowerShell.exe
A następnie uruchomić go bezpośrednio, unikając ograniczeń uprawnień z rezydentnym PowerShell